由于自身的不穩(wěn)定性，RNA通常比DNA更難處理。RNA并不具備DNA穩(wěn)定的雙螺旋結構。為了在處理RNA時保證優(yōu)良品質，必須從優(yōu)質材料開始，并在處理前后進行特別仔細的質量控制。所謂的RNA完整性指數(shù)（RIN）是RNA質量的指標[1]。根據(jù)1到10的評價標準，RIN值為1表示RNA已wanquan分解，RIN值為10則表示RNA完好無損。簡言之，RIN數(shù)值越高，RNA質量越高。只要可能，應始終選用具有高RIN值的材料。

固定并染色樣品制備方法的影響以及后續(xù)紫外激光顯微切片對于小鼠腦組織切片（事后檢查）的影響描述如下。將冷凍保存且未經(jīng)處理的腦組織切片的RIN值與采用標準方案處理并分離的切片進行比較。圖1顯示了從冷凍切片到RIN分析的樣品制備工作流程。

為了比較未經(jīng)處理的組織樣本與固定和染色的組織樣本，使用3組已知RIN完整指數(shù)（RIN）的冷凍保存小鼠腦組織。在-80°C冷凍保存后，將它們轉移到冷凍切片刀處，并在-35°C下孵育45分鐘，然后將組織在-18°C下平衡30分鐘，接著在-18°C下通過冷凍切片將其切成12µm的切片。小鼠腦組織切片分為兩組，并按以下方式處理。一個是對照組，直接冷凍在-80°C，另一組則進行無RNase的紫外線處理PEN載玻片。這需要通過在室溫下短暫解凍切片并在冷卻至-20°C的75%乙醇溶液中固定2分鐘來，然后，立即用幾滴無菌過濾的甲酚紫(CV)染料溶液(含5%甲酚紫的純乙醇溶液)并輕輕來回移動孵育45秒。

在染色過程中，染料溶液會短暫排除，載玻片浸入一系列濃度遞增（75%、95%和100%）的乙醇溶液中，每次4秒鐘，最后固定在100%的乙醇溶液中（試驗組）。完成固定和染色程序之后，將載玻片在裝有硅凝膠的干燥室中放置45分鐘，然后保存在-80°C的干燥箱中，等待進行激光顯微切片。

固定和染色之后，相關組織采用溫和且無污染的紫外激光顯微切片（UV LMD）進行分離[2]。這需要使用顯微鏡的10倍物鏡對組織進行標記并分割成多個矩形，然后使用足夠能量的激光束通過“Draw + Cut"（繪圖切割）模式進行wanquan消融。切割物收集在0.5ml的無RNase蓋帽中，以便對RNA內容進行提純。這些會保存在–80°C的環(huán)境下，等待進行RNA分離。

兩組樣品，即保存在在 –80°C下未經(jīng)處理的樣品，以及經(jīng)固定、染色和激光顯微切片處理的樣品，接受平行解凍并同時用相同的試劑處理。按照制造商的說明使用Qiagen的RNase Mini Kit®進行提純。提純的RNA使用30µl的無RNase水洗脫到新的無RNase試管中。

為了比較天然冷凍組織切片與經(jīng)過CV染色、乙醇固定、激光顯微切割的組織切片的RNA質量，將來自每個不同處理樣品的RNA放入同一RNA納米芯片（安捷倫生物分析儀）。RNA納米芯片通過毛細管凝膠電泳分離RNA樣品，并根據(jù)樣品在芯片上的移動方式對樣品質量進行分級。如前所述，RNA質量表示為RIN值，其中10表示wanquan完整的RNA，1表示wanquan分解的RNA。

此處進行的RIN分析（圖2中的樣品測量）表明，來自直接冷凍的天然組織的RNA樣品的RIN值與根據(jù)UV-LMD標準方案處理的RNA樣品的RIN值沒有太大差異。

緊接著將分離的RNA樣品分成兩組，每組中有一半的樣品進行沉淀。在RNA沉淀后，根據(jù)參考文件3中提供的說明，來自天然冷凍組織的已沉淀樣品的RNA的RIN值略低于來自經(jīng)過CV染色、EtOH固定、UV-LMD處理的樣品的RNA的RIN值[3]。這種差異可能來自沉淀混合物的poly-I，因為其中一些短鏈RNA分子在芯片中進行RIN測量時會被提純并與其他RNA一起檢測，并計入分解部分。在qPCR 反應中，poly-I沒有產(chǎn)生負面影響。因此，經(jīng)過固定、染色以及紫外激光顯微切片的腦組織切片有沒有進行RNA沉淀，都不會影響其質量。圖2顯示了未經(jīng)處理的天然小鼠腦組織切片和經(jīng)過固定并染色的小鼠腦組織切片在RNA質量方面的比較結果